A régészek régóta vitatkoznak arról, hogy a műtétet a betegek gyógyítására alkalmazták-e, vagy rituális célból. Ezt a vitát döntheti el a Dél-Connecticuti Állami Egyetem tudósai által végzett kutatás, akik 11 temetkezési helyett tártak fel Cuzco, az inkák ősi fővárosa környékén - olvasható a National Geögraphic News hírei között.

Mint a kutatás rávilágított, a trepanáció igen elterjedt beavatkozás volt az inkáknál: a 411 fellelt koponyából 66-ot lékeltek meg az egykori gyógyítók. Az egyik temetkezési helyen 59 koponyát találtak, s közülük 21-et, vagyis több mint a harmadát trepanálták. Némely koponyát többször meglékelték, az egyiken pedig hét műtétet végeztek. Majdnem minden esetben a beavatkozást a koponya közepén, vagy baloldalán végezték - azon a tájékon, amelyet nagy valószínűséggel megsebesíthetett a csatában egy jobbkezes harcos. Tizenkilenc nő is átesett a koponyalékelésen, ami arra utal, hogy a műtétet nem csupán sebesülések, hanem egyéb okok miatt is elvégezték - esetleg epilepszia, vagy krónikus csontfertőzés gyógyítására alkalmazták.

Ami a gyógyulási statisztikát illeti, a legrégibb koponyaleleteken nincs jele a csont gyógyulásának, ami azt jelenti, hogy a páciensek nem élték túl a beavatkozást. Idővel a módszerek egyre tökéletesebbé váltak, és Kr. u. 1400 körül már a betegek 90 százaléka meggyógyult. Az inka gyógyítók kiválóan ismerték a növényeket, amelyeket fájdalomcsillapításra és a seb fertőtlenítésére használtak.